La Dirección de Laboratorio y Control se encarga de coordinar el diagnóstico de enfermedades infecciosas, y el control de calidad de medicamentos, alimentos y otros productos de consumo. Realiza el control de calidad de los medicamentos, sueros, vacunas y otros productos farmacéuticos, producidos en el IB; y el análisis de alimentos, aguas, productos de uso doméstico, cosméticos, entre otros, para determinar su inocuidad, y poder ser inscriptos y comercializados.
Esta Dirección coordina también las pruebas de irritación dérmica, que requieren algunos productos (apósitos, antisépticos y productos utilizados en bebés) para su comercialización. En ocasiones, este tipo de productos ingresan al Laboratorio por medio de particulares o denuncias, debido a una posible alergia.
En materia de diagnóstico, el IB es parte del Circuito Descentralizado de Confirmación Diagnóstica de Resultados para VIH, Infecciones de Transmisión Sexual y Hepatitis Virales de la provincia de Buenos Aires, y es Centro Regional de Diagnóstico de Rabia.